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Mostrando postagens com o rótulo computational modeling

Novo Paper em Astrobiologia

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Depois de 10 anos, retornamos. O site do Haaan foi desativado... Invasion percolation solves Fermi Paradox  but challenges SETI projects Galera, E ;  Galanti, G R ;  Kinouchi, O . International Journal of Astrobiology ; Cambridge  Vol. 18, Ed. 4,   (Aug 2019): 316-322.   DOI: 10.1017/S1473550418000101  

Engarrafamentos fantasmas: experimento e teoria

Matemáticos [aplicados, físicos e engenheiros] dos EUA desenvolvem fórmula para prever engarrafamentos O Globo  Matemáticos do MIT (Massachusetts Institute of Technology), nos Estados Unidos, desenvolveram uma fórmula para prever o surgimento dos chamados congestionamentos fantasmas - engarrafamentos que surgem de uma hora para outra, sem motivo aparente, em vias com grande concentração de veículos. A equação poderá ajudar na criação de projetos para desenvolvimento de vias com menor potencial de congestionamentos. O modelo descreve como e por que os engarrafamentos são formados. A análise inclui fatores à primeira vista pouco importantes, como freadas súbitas ou a circulação de veículos muito próximos uns dos outros. "As equações, semelhantes às usadas para descrever a mecânica de fluidos, levam em conta fatores como a velocidade de trânsito e densidade do tráfego para calcular as condições para formação e expansão de congestionamentos", diz Morris Flynn, o principal respons...

Emergência da divisão de trabalho

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Foto retirada do site Formigas . Rapid Transition towards the Division of Labor via Evolution of Developmental Plasticity Biological organisms are highly complex and are comprised of many different parts that function to ensure the survival and reproduction of the whole. How and why the complexity has increased in the course of evolution is a question of great scientific and philosophical significance. Biologists have identified a number of major transitions in the evolution of complexity including the origin of chromosomes, eukaryotes, sex, multicellular organisms, and social groups in insects. A crucial step in many of these transitions is the division of labor between components of the emerging higher-level evolutionary unit. How the division of labor was achieved in the face of selfishness of lower-level units is controversial. Here I study the emergence of differentiated cell colonies in which one part of the colony's cells (germ) specializes in reproduction and the other part...

Aleatoriedade quântica

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First Evidence That Quantum Processes Generate Truly Random Numbers Posted: 12 Apr 2010 09:10 PM PDT Quantum number generators produce random numbers that are measurably different from those that computer programs generate. There is a growing sense among physicists that all physical processes can be thought of in terms of the information they store and process; by some accounts information is the basic unit of existence in our cosmos. That kind of thinking has extraordinary implications: it means that reality is a kind of computation in which the basic processes at work simply chomp their way through a vast bedrock of information. And yet this is at odds with another of the great challenges facing modern science: understanding the nature of randomness. While information can be defined as an ordered sequence of symbols, randomness is the opposite of order, the absence of pattern. One of the basic features of true randomness is that it cannot be produced by a computer, otherwise it woul...

Astronomia Computacional

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Iniciado o Laboratório de Física Estatística e Biologia Computacional no DFM-FFCLRP-USP. Profs. responsáveis são Ubiraci P. C. Neves e Osame Kinouchi. Para ilustras que, hoje, a ciência não é apenas teoria e experimentos, mas envolve também a parte computacional como o terceiro pé de um tripé científico, reproduzo a notícia do ótimo blog Physics ArXiv Blog: Collision-free theory explains why Uranus is lying on its side Posted: 02 Dec 2009 09:10 PM PST Astronomers have always assumed that Uranus must have been knocked onto its side by a collision. Now a new idea suggests that the planet's remarkable tilt could have another explanation One of the great mysteries of our Solar System is why Uranus is tilted on its side. Surely, if the solar system formed from the same rotating cloud of dust and gas, then all the bodies within it should rotate in the same way. And yet Uranus' axis of rotation lies at 97 degrees to the plane of the solar system. The standard explanation is that Uran...

FEBiC - Física Estatística e Biologia Computacional

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Está fundado o Laboratório de Física Estatística e Biologia Computacional (FEBiC), onde os coordenadores são os Profs. Ubiraci P. C. Neves e Osame Kinouchi Filho, do DFM-FFCLR-USP. Se você está pensando em pós-graduação ou pós-doutorado e tiver interesse em nossas linhas de pesquisa (ver aqui e aqui), por favor entre em contato! Edital de Abertura de Inscrição na Pós-Graduação em Física Aplicada à Medicina e Biologia Serviço de Pós-Graduação Período de Inscrição: 08/04/2010 a 02/07/2010

Livros para serem comprados na chamada da FAPESP

Ver reviews aqui . Handbook of Computational Economics: Agent-Based Computational Economics (Handbook of Computational Economics S.) Judd, K.L., Tesfatsion, L., Intriligator, M.D. and Arrow, Kenneth J. (eds.) Reviewed by Herbert Gintis Not by Genes Alone: How Culture Transformed Human Evolution Richerson, Peter J. and Boyd, Robert Reviewed by Giangiacomo Bravo Biology, Sociology, Geology by Computational Physicists (Monograph Series on Nonlinear Science and Complexity) Stauffer, Dietrich, Oliveira, Suzana Moss de, Oliveira, Paulo Murilo Castro de and Martins, Jorge Simoes de Sa Reviewed by Frank Schweitzer Complexity and Co-Evolution: Continuity and Change in Socio-Economic Systems Garnsey, Elizabeth, Hall Clare, McGlade, James Reviewed by Mauro Lombardi The Re-Emergence of Emergence: the Emergentist Hypothesis from Science to Religion Clayton, Philip and Davies, Paul (eds.) Reviewed by Johannes Lenhard Computer Simulations of Criminal Deterrence: from Public Policy to Local Interac...

Porque os físicos estatísticos computacionais são tão espertos?

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Biology, Sociology, Geology by Computational Physicists (Monograph Series on Nonlinear Science and Complexity) Stauffer, Dietrich, Oliveira, Suzana Moss de, Oliveira, Paulo Murilo Castro de and Martins, Jorge Simoes de Sa Elsevier: Amsterdam, 2006 ISBN 0444521461 (pb) Comprar aqui . Reviewed by Frank Schweitzer and Markus Geipel ETH Zurich, Switzerland "Physicists pretend not only to know everything, but also to know everything better. This applies in particular to computational statistical physicists like us". These are the very first two sentences of the book reviewed here. In a nutshell, the authors point the reader at their position on approaching phenomena as diverse as biological aging and speciation (chapters 3, 4), languages (chapter 5) or earthquakes (chapter 7). What is special about Biology, Sociology, Geology by Computational Physicists? First of all the fact that the authors approach these topics without the burden of frameworks and know how, immanent to these d...

Físicos brasileiros publicam sobre biologia na Nature

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Um belo exemplo de porque os físicos são importantes para a Biologia (basicamente porque os biólogos são muito conservadores e os físicos são mais cool e aventureiros). Da Revista FAPESP, via blog SEMRUMO , via Anel de Blogs Científicos (sim, um caminho tortuoso - eu recebo a Revista FAPESP mas não tinha lido isso): Especiação sem barreiras Trabalhando com simulações em modelos matemáticos, um grupo de pesquisadores do Brasil e dos Estados Unidos acaba de propor um mecanismo de formação de novas espécies biológicas que não envolve barreiras físicas ou isolamento geográfico. O estudo foi publicado na edição do último dia 16/7 da revista Nature. De acordo com o primeiro autor do artigo, o professor Marcus Aloizio Martinez de Aguiar, do Instituto de Física Gleb Wataghin da Universidade Estadual de Campinas (Unicamp), o mecanismo mais conhecido de formação de novas espécies biológicas é a chamada especiação geográfica: barreiras ecológicas impedem a troca de genes entre indivíduos de uma ...

3rd Latin American School on Computational Neuroscience

Prezados colegas, Gostaria de pedir a todos para divulgar o mais amplamente possivel a chamada da LASCON 2010 abaixo. Um abraco, Roque ----------------------------------------------------------------------------------------------- **** Apologies for cross-posting **** 3rd Latin American School on Computational Neuroscience - LASCON 2010 January 17 - February 9, 2010, Ribeirao Preto, Brazil http://neuron.ffclrp.usp.br/LASCON FIRST ANNOUNCEMENT Dear Colleagues, Following the success of the previous two editions of LASCON (Latin American School on Computational Neuroscience), held in 2006 and 2008, I am pleased to announce the 3rd LASCON, which will take place between January 17th and February 9th 2010 in Ribeirao Preto, Brazil. LASCON aims at introducing advanced undergraduate and graduate students to the use of computational and mathematical methods for modeling neurons and neuronal circuits. These models w...

Meios excitáveis e gripe suína

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Mauro, você notou que a largura do pulso é basicamente a mesma? E se no nosso modelo fizessemos com que p_lambda dos links de um dado site mudasse aleatoriamente por uma fração epsilon toda vez que o site ficasse excitado? E que os novos sítios contaminados herdassem esse valor, de modo que seus links também sofressem mutação. Isso modelaria um drift genético do vírus da gripe durante a própria epidemia e imagino que as variantes com maior p_lambda iriam se espalhar mais. Ou seja, a atividade se tornaria supercrítica antes de ser suprimida pela imunização. Ou seja, uma pandemia, ao contrário do que eu disse antes, não seria uma avalanche grande de um sistema crítico, mas uma avalanche em um sistema supercrítico. Muito possivelmente veríamos a dinâmica da gripe de 1918, que após ser uma pandemia fraca em um ano, voltou muito mais forte no ano seguinte. Acho que este modelo seria novo na literatura... Todo esse tempo que eu gastei lendo e postando sobre a gripe suína poderia gerar um nov...

Neurônios são células inteligentes?

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Preciso achar a referência deste trabalho. Parece ser importante para aquela idéia do cérebro funcionando como uma blogosfera biológica. Tem também a questão filosófica de se seus neurônios têm acesso empírico ou percepção da existência de um ser superior (no caso, você!). Biólogo descobre som de neurônios se comunicando Ford prolongou a gravação para mostrar como os neurônios aparentemente se comunicam uns com os outros. O pesquisador compara o áudio gravado ao som emitido por aves marinhas e alega que sua gravação demonstra uma propensão destas células à resolução de problemas, um comportamento inteligente. Em um estudo apresentado nesta segunda-feira na Universidade de Cambridge, Ford afirma que uma única célula é capaz de pensar sozinha e até de se comunicar com outra. De acordo com o biólogo, um organismo unicelular como uma ameba, por exemplo, não apenas flutua como também é capaz de construir uma "casa", juntando grãos de areia para formar uma proteção. Complexid...

Um livro grátis sobre sistemas complexos

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Para meus alunos de Iniciação Científica... O livro editado está aqui . Complex and Adaptive Dynamical Systems: A Primer Authors: C. Gros (Submitted on 30 Jul 2008 ( v1 ), last revised 4 Aug 2008 (this version, v2)) Abstract: An thorough introduction is given at an introductory level to the field of quantitative complex system science, with special emphasis on emergence in dynamical systems based on network topologies. Subjects treated include graph theory and small-world networks, a generic introduction to the concepts of dynamical system theory, random Boolean networks, cellular automata and self-organized criticality, the statistical modeling of Darwinian evolution, synchronization phenomena and an introduction to the theory of cognitive systems. Comments: unformatted version of the textbook; published in Springer, Complexity Series (2008) Subjects: Adaptation and Self-Organizing Systems (nlin.AO) ; Disordered Systems and Neural Networks (cond-mat.dis-nn) ...

A ressureição da Hidra

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Saiu uma reportagem hoje sobre uma pesquisa de amigos meus da UFRGS: IGOR ZOLNERKEVIC colaboração para a  Folha de S.Paulo Pesquisadores da UFRGS (Universidade Federal do Rio Grande do Sul) realizaram simulações por computador que explicam as primeiras etapas da regeneração total de um animal simples de água doce, de tamanho milimétrico, que fascina os cientistas desde o nascimento da biologia, no século 18. A hidra -batizada com o nome do monstro mitológico que ganha outra cabeça sempre que lhe decepam uma de suas muitas- tem um poder fantástico de se recuperar de mutilações em seu ambiente natural. Mas é em laboratório que o bicho realmente impressiona. A física Rita de Almeida, da UFRGS, ensina a receita. Pegue de 20 a 50 hidras e pique-as em pedacinhos. Coloque-os em uma solução que desgruda as células umas das outras. Ponha a solução em uma centrífuga, para embaralhar completamente as células. Depois de algumas horas, as células que não morreram se juntam. Disforme no início, o ag...

Para entender a crise

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Do NYT :  This Economy Does Not Compute Mark Buchanan, a theoretical physicist, is the author, most recently, of “The Social Atom: Why the Rich Get Richer, Cheaters Get Caught and Your Neighbor Usually Looks Like You.” A FEW weeks ago, it seemed the financial crisis wouldn’t spin completely out of control. The government knew what it was doing — at least the economic experts were saying so — and the Treasury had taken a stand against saving failing firms, letting Lehman Brothers file for bankruptcy. But since then we’ve had the rescue of the insurance giant A.I.G., the arranged sale of failing banks and we’ll soon see, in one form or another, the biggest taxpayer bailout of Wall Street in history. It seems clear that no one really knows what is coming next. Why? Well, part of the reason is that economists still try to understand markets by using ideas from traditional economics, especially so-called equilibrium theory. This theory views markets as reflecting a balance of forces, and sa...
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Reverberando Daniel Doro Ferrante : Vou deixar uns vídeos excelentes, que tratam essa questão dum modo leve porém cuidadoso, com o carinho que elas merecem. O primeiro deles é uma coleção de 8 vídeos, que capturam uma palestra dada pelo Professor Albert A. Bartlett, chamada “ Population, Arithmetic, and Energy “. O segundo, entitulado “ How it all ends “, é um conjunto de 45 vídeos, um projeto do Professor Greg Craven para mostrar como é possível se avaliar o debate atual sobre as mudanças climáticas de modo racional e científico, mostrando claramente como é que se pode tirar conclusões científicas, sólidas e robustas, independentemente do [aparente] debate que alguns insistem em dizer que existe. Eu espero que vcs se divirtam e passem a apreciar a profundidade de todas essas questões em jogo — por favor, coloquem seus comentários no Roda . Link para o livro aqui . "This book will be a milestone in the emerging discipline of climate change biology. No issue is more important for t...

LASCON 2008 - Escola Latino Americana de Neurociência Computacional

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Não pude participar na primeira semana devido a um problema de coluna, mas espero participar a partir de amanhã. Do boletim do DFM: De 13 de julho a 01 de agosto, acontece a "II Escola Latino-Americana de Neurociência Computacional - LASCON 2008 " , sob organização do Prof. Antonio Carlos Roque da Silva , o evento tem como objetivo treinar estudantes e jovens pesquisadores latino-americanos na arte de modelar matematicamente e simular computacionalmente neurônios e circuitos neurais. A escola será possível graças ao apoio financeiro da IBRO ( International Brain Research Organization ), do CNPq e da FAPESP, além do apoio logístico do DFM e da FFCLRP. Para maiores detalhes, favor consultar a página da escola em http://neuron.ffclrp.usp.br/page.php?4 Ver também: Computational Neuroscience (Wikipedia)

Estado Indescritível No. 7

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Mais dois blogs científicos para o blogroll: localizei o blog do Leo e da Karynn, o Estado Indescritível No. 7 através de um comentário que o Leo postou aqui (viu como vale a pena postar comentários?) No perfil do Leo, havia outro blog, que descobri ser um blog coletivo da décima quinta turma do curso de ciências moleculares da USP: o T15 CCM . Existirão outros blogs, de outras turmas? Peguei o artigo abaixo nesse blog. Every Unhappy Family Has Its Own Bilinear Influence Function Researchers propose a mathematical model of marriage The Cronicle of Higher education - From the issue dated April 25, 2003 By DAVID GLENN (...) So what's the cash value of all this mathematics? What insights has it offered Mr. Gottman that he couldn't have derived through ordinary intuition, or by analyzing his data with humdrum statistical techniques? "I believe it was Lord Rutherford who said, If you need to use statistics, then you should design a better experiment," says Mr. Murray. ...

Critical Mind

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Para ser lido. Mauro, você já o tinha visto? The brain: What is critical about it? Authors: Dante R. Chialvo , Pablo Balenzuela , Daniel Fraiman (Submitted on 31 Mar 2008) Abstract: We review the recent proposal that the most fascinating brain properties are related to the fact that it always stays close to a second order phase transition. In such conditions, the collective of neuronal groups can reliably generate robust and flexible behavior, because it is known that at the critical point there is the largest abundance of metastable states to choose from. Here we review the motivation, arguments and recent results, as well as further implications of this view of the functioning brain. Comments: Proceedings of BIOCOMP2007 - Collective Dynamics: Topics on Competition and Cooperation in the Biosciences. Vietri sul Mare, Italy (2007) Subjects: Disordered Systems and Neural Networks (cond-mat.dis-nn); Neurons and Cognition (q-bio.NC) Cite as: arXiv:0804.0032v1 [cond-mat.dis-nn]