Mesquer est située sur le littoral de l'Océan Atlantique, dans la presqu'île de Guérande , non loin de l'embouchure de la Vilaine. La baie ostréicole et mytilicole que forme le Traict de Pen Bé et qui borde le littoral nord de la commune constitue la limite septentrionale de la côte d'Amour.

Les communes limitrophes sont La Turballe, Piriac sur Mer, Saint Molf et Assérac.

Mesquer est à 8 km au nord de Guérande et 25 km au nord-ouest de Saint Nazaire

Selon le classement établi par l’INSEE en 1999, Mesquer est une commune urbaine. Elle fait partie de l'agglomération de La Turballe qui inclut également Piriac-sur-Mer. C'est également une commune multipolarisée entre les aires urbaines de Saint Nazaire et de Redon, incluse dans l’espace urbain de Nantes-Saint-Nazaire (cf. Communes de la Loire Atlantique).

Mesquer fut l'une des dernières communes de la Loire-Atlantique à avoir conservé l'usage de la langue bretonne, d'après un témoignage recueilli par Paulin Benoist (Exposition sur la langue bretonne au pays de Guérande) des anciens parlaient encore breton après 1830. En 1327 l'un des traducteurs du procès en canonisation de Saint Yves était Jacob le recteur de Mesquer.

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