Время жизни Прокла восстанавливается по источникам как 410—485 гг. Биограф Прокла Марин приводит его гороскоп, по астрономическим данным которого дата рождения Прокла определяется как 8 февраля 412 г.
Прокл родился в греческом городе-колонии Византий в семье богатого адвоката из Ксанфа. Намереваясь пойти по стопам отца, подростком уехал в Александрию, где учился сначала риторике, затем заинтересовался философией и стал учеником александрийского неоплатоника Олимпиодора Старшего[en]. Именно у него Прокл начал изучать логические трактаты Аристотеля, в трактовке которых он, как сообщает Марин, достиг успеха уже в то время.
В возрасте 20 лет Прокл переезжает в Афины, где Платоновскую Академию в то время возглавлял Плутарх Афинский. Плутарх, несмотря на свой преклонный возраст, стал заниматься с Проклом лично, изучая с ним трактат Аристотеля «О душе» и диалог Платона «Федон». Через два года Плутарх скончался, передав руководство школой своему ученику Сириану, у которого Прокл продолжил своё обучение.
Марин сообщает, что уже к 28-летнему возрасту Прокл написал одну из своих главнейших работ, комментарий на платоновского «Тимея».
Около 450 г., после смерти Сириана, Прокл становится схолархом Платоновской Академии.
Время жизни Прокла — закат древнегреческой цивилизации. Языческие культы ещё отправлялись, но христиане все больше настаивали на их запрете. В это время из Парфенона была изъята знаменитая статуя Афины работы Фидия, что в окружении Прокла было воспринято как кощунство. В полемике с христианами Прокл не был пассивной стороной — как сообщает Суда, он написал «Возражения против христиан» в 18 книгах (работа не сохранилась). В какой-то момент конфликт христиан с академиками приобрел такое напряжение, что Прокл был вынужден на год уехать из Афин в Лидию.
Во время путешествия по Азии Прокл познакомился с некоторыми восточными учениями, которые синтезировал с собственной системой. Религиозная практика, молитвы солнцу, ритуалы при Прокле стали в Академии необходимой составляющей самого образовательного процесса. Марин сообщает, что Прокл «дни и ночи» проводил в молитве, в орфических и халдейских очищениях и в исполнении «всяких других религиозных обрядов».
В личной жизни Прокл придерживался аскетических принципов: не был женат, воздерживался от мясной пищи и соблюдал посты согласно указаниям богов, являвшихся ему во сне. По словам Марина, именно чрезмерный аскетизм был причиной его сравнительно ранней смерти: "От грубой и несносной пищи, от слишком частых омовений и тому подобных надсад цветущее тело его изнурилось". Прокл не чуждался общественной деятельности; он принимал участие в городских собраниях.
Умер в Афинах, в возрасте 73 лет, оставив преемником Марина. Похоронен в Афинах в одном склепе со своим учителем Сирианом.