да, действительно, я увлекся. external это кажется где-то в книге стоит гиперссылка в интернет. готового рецепта что делать у меня нет, все по ситуации

http://flibusta.is/b/342998/read#t29

откровенно говоря и не скажу. лично я проверяю давным-давно скачанным с фтп флибусты fb2utils-0.6.0 , до полного устранения
ну вот пусть в тексте есть ссылка на сноску:
«p»На следующий день Ирина явилась на работу с утра пораньше, в своих лучших джинсах и приличного вида футболке. Атмосфера в Ларк-Хаус была вольная, но не бесшабашная; это место больше напоминало университетский колледж, нежели приют для стариков. Еда была такая же, как в любом достойном калифорнийском ресторане: органическая в меру возможности. Персонал был работящий, санитары и медсестры — любезны настолько, насколько того можно было ожидать. Через несколько дней девушка уже знала имена и странности своих коллег и вверенных ей постояльцев. Ирина без труда запоминала фразы на испанском и французском и тем завоевывала уважение обслуги, представленной, почти исключительно выходцами из Мексики, Гватемалы и Гаити. Зарплата для такой работы была не слишком высокая, но мало кто горевал по этому поводу. «Бабулек нужно баловать, но не забывать про уважение. То же самое и с дедульками, только этим нельзя сильно доверять, уж больно они шустрые», — советовала Лупита Фариас, толстушка с лицом как у ольмекской«a l:href="#n_333333" type="note"»[3]«/a» статуи, начальница над всеми уборщиками. Поскольку Лупита проработала в Ларк-Хаус тридцать два года и имела доступ в жилые помещения, она близко знала каждого постояльца, понимала, чем они живут, угадывала их недомогания и сопровождала в скорбях.«/p»
а в разделе notes такой секции с тегом section id="n_3333333" нет. я получаю ошибку
ERROR: Line 117: bad internal link: #n_333333
лезу в указанную строку 117 (или контекстным поиском ищу не устраивающую его подстроку "#n_333333"), вникаю и исправляю ситуацию - добавляю секцию сноски, или исправляю ссылку - по обстоятельствам. может и есть для этого скрипт, но мне проще руками

UPD прочел пояснение Паллы
прямой способ работы годится и тогда, когда комменты, на которые даются гиперссылки в тексте, не сноски а сами находятся в основном блоке текста, или это ссылки ведущие из списка названий, списка иллюстраций внутри книги и т.п., и есть какая-то нестыковка.
пример таких ссылок - хотя бы примечания к главам вида "Мэриль[прим.1] продолжала:" в книге http://www.flibusta.is/b/811068/read#t7
или ссылки в "именах и названиях" и в "указателе" там же