Есть еще Pandoc. Утилита для конвертирования из командной строки для очень многих форматов. Для epub 2 fb2 нужно запустить с такими параметрами: pandoc.exe -f epub -t fb2 file.epub -o file.fb2 или pandoc.exe file.epub -o file.fb2.
Название книги, автор, картинки и текст конвертируются нормально, сноски не очень, а оглавление - нет.

Djvu Solo незаменим для постраничных операций: перестановка, вставка, удаления.

Сканы они есть сканы, картинка -- "продолжение слеlуе", следующая картинка -- "продолжение...".
...
Кажется понял, есть djvu файлы журналов, надо сделать книгу из выбранных страниц. Извлекаем нужные страницы в нужном формате, использую DjVu Small Mod и подсовываем их FR.
По деталям что и как пишите в личку.

Всё зависит от верстки и качества оригинала. Довольно часто FR в автоматическом режиме ищет скрытые текстовые смыслы в рисунках и подписи под рисункам приклеивает куда попало, впрочем все подобные заковырки верстки не для ущербного формата.

Итог на 14 января.
1. Калибре -> разархивация в кучу HTML, далее варианты. Командную строку Калибре не осилил. Сомневаюсь, впрочем, что таковая конвертация будет отличаться от обычной через непосредственно программу, а следовательно, и курить далее не стоит.
2. Sigil, через аддон -> сохранить как HTML.
3. Alreader -> сохранить как HTML. Бывает, не сохраняет разметку текста.
4. Epub -> как-то сохранить как PDF, затем распознавать ФайнРидером. Всё-таки слишком экзотично.
5. Pandoc. РАБОТАЕТ (быстро и сохраняет разметку)! Проблема в выводе fb2 сплошной строкой. Курю дальше. Кроме того, *.epub не работает (ищу варианты, возможно, они есть), а в bat-файл вбивать каждый раз имя источника...
6. ICEReader -> экспорт уже добавленной в него книги. Единственный рабочий вариант HTML, но не сохраняет разметку текста, несмотря на то, что если выбрать "экспорт оригинала книги", то выдает тот же самый epub. Да и не читает внутри сам эту разметку.
7. eCub - редактор. Пока не пробовал.
8. Jutoh - редактор. Пока не пробовал.

Варианты. Сводятся в большинстве своем к импорту HTML, будь-то файл или куча файлов. Но есть и не только HTML.
1. Калибре -> сначала в RTF -> после в Fiction Book Designer -> в конце в Fiction Book Editor.
2. Один HTML сразу идет в Fiction Book Editor через посредство плагина/отдельной программы ANYtoFB2. Предварительно убедиться, что кодировка Win-1251 (и/или "сохранить как" в Нотепаде++, например), потому что импортёр иначе всё перехерит. Затем возникает очень много проблем с заполнением жанра/языка/и-всего-остального-вплоть-до-обложки-которой-у-меня-не-было - так и не удалось сохранить, короче.
3. Куча HTML -> копипаста в FBE. Трудоёмко.
4. Куча HTML -> FBD -> говорят, сливает автоматически (очевидно, нумерация файлов должна быть). Дальше либо тут же, либо уже в FBE. Ссылка на скачивание выше в топике.
5. Один HTML -> OpenOffice с аддоном OOFBTools -> сразу fb2. Пока не пробовал.

Пока примерно так.

Epub -> (в данном случае)Алридер -> один HTML -> OpenOffice с аддоном OOFBTools -> сразу fb2.
Отлично. Просто отлично, в том смысле, что потом и FBE тупо не нужен, если предварительно сделать "корректор текста".
Но вот что ж он так меееееееееееееедленно экспортирует-то, господи...

Pandoc вон, командная строка - секунда. Одна секунда. Да, без обработки текста, но блин.
Да, сейчас (у меня) в сплошную строку, но у sadbsfajkf было нормально, как он сам сказал. Т.е. в принципе работает, осталось понять, что куда приписать.
Ага, зачеркнутый текст Pandoc убивает напрочь.
Даа, без бутылки не разобраться, как сделать все файлы *.epub без ввода имени в батник. И выводной fb2 все так в одну строку и сбивается.

В Sigil (брать у разработчиков ) eсть функция форматирования исходного epub кода, или я что-то не понял.

Пока что курил эффективный (минимум действий) вариант обработки достаточного количества файлов за раз. Чтобы стало типа рутиной и выполнялось на раз-два.
И по поводу того, что Алридер иногда может не сохранять разметку текста - это касалось других форматов, раньше-то епабов было меньше и я просто не осуществлял подобные действия конкретно с ними. Проблемы были с фб2шками и доками. И то, как я говорил выше, случайные редкие проблемы.
Итак.
1. OpenOffice с аддоном OOFBTools.
Epub -> Алридер -> сохранить в HTML -> OpenOffice -> fb2.
Епаб ассоциирован с Алридером, внутри, с сожалению, сочетание кнопок не подвесить, так что мышкой правая-файл-сохранить как HTML (это секунда). Также я забил в менюшку Проводника под правой кнопкой "отправить в" соответствующие ярлыки. Послать тут же в OpenOffice. Для перемещения файлов из папки "Загрузки" в "Чтение" используется FileMenuTools (переместить в папку). Можно вполне использовать Classic Shell (маст хэв на Семерке, ну и десятке, наверное), там тоже есть такая кнопка, но лично у меня она уже занята, а папки не переключаются. Попался недавно пакет FileMenuTools, я его ставил по другой причине, ну и замечательно теперь использую и здесь тоже.
Плюс метода: учитывая наличие опции "Корректора текста" (то же самое, что скрипт "Генеральная уборка" в FBE и ряд других мелких скриптов), как выяснилось, даже не обязательно сохранять обработанный текст в fb2 (очень, очень, очень долго), простое сохранение в тот же HTML решает. Всё будет в итоговом файле - вплоть до глав - так что сохранил, прочитал, удалил (а для этого всё и нужно).
Минус (неустранимый, к сожалению): OpenOffice (не аддон, а именно OpenOffice) с ошибкой сохраняет HTML-файл в плане пустых строк, где автор отделяет смысловые блоки текста. Там, видимо, как-то наслаивается обычный для Ворда/ОО значок абзацев ¶ (если не отразится - то, что везде на конце, если включить "непечатаемые символы") и теги (br) и/или (p). Учитывая, что немногие в процентном отношении делают отбивку положенными *** или похожими символами, вставляя пустой абзац, крайне серьезная проблема.
2. Старый добрый Fiction Book Editor.
Epub -> Алридер -> сохранить в HTML -> Akelpad -> сохранить как Win 1251 -> FBE -> импорт Any2Fb2 -> fb2.
Последовательность выглядит длиннее, но на самом деле процесс оптимизирован, всё осуществляется не медленнее, чем с OpenOffice даже без учета долгого, долгого, долгого экспорта в fb2 (и всё нормально с пустыми строками).
Первые шаги такие же, далее HTML ассоциирован с Akelpad`ом, открывается сразу. Затем внизу на строке состояния правой кнопкой мыши - сохранить как Win 1251 (тут же, без подтверждений, сразу). Есть специальные программы по смене иконок у расширений файлов, я использую старенькую Default Programs Editor.
Any2Fb2 может работать как плагин, а может отдельно, есть гуй. Сначала я пробовал отдельно (ярлык закрепить в Пуске). Отметить галки "no epigraphs" и "do not detect poems" (опции сохраняются, каждый раз отмечать не надо). Но проблема гуя в том, что после "done" выводится окно сохранения fb2 и вот там-то поле имени не заполнено автоматически. Каждый раз хреначить 111 раздражает, да и потом сложно, если много файлов за раз. Кодировка Win 1251, кстати, нужна именно для этого этапа, потому что Any2Fb2 не понимает ничего, кроме неё - по факту, так-то в логе пишет, что производится "перекодирование", но результат всегда удручает; по опыту скармливать ему нужно именно эту кодировку.
Таким образом, лучше как плагин. Запуск FBE из Пуска - на плагин я повесил шорткат (Кнтрл+вверх) - Any2Fb2 - импорт по сохраненным опциям, т.е. сразу - здесь после "done" имя присваивается - и на панель скриптов я вынес "Генеральную уборку", расстановку кавычек, чистку пустых строк, т.е. в только что полученном fb2 три нажатия на иконки - сохранить. Из Проводника FileMenuTools`ом перенести в "Чтение".
Выше/раньше я писал, что у FBE есть глюки с сохранением импортированного, когда он жалуется на "нет жанра", "нет языка", нет какого-то "DTS", нет "дохрена остального" и тому подобное. И ладно бы просто орал, но он же файл не сохраняет. Выяснилось - сохраняет, просто их, проблемные файлы, за каким-то лешим кладет в родную папку, где я их спустя какое-то время и обнаружил. Пара случаев файлов так на 15, у меня пока получается примерно так.
В Пуск закрепить ярлык простейшего батника, запуск по двум кликам, если в папке вдруг не обнаруживается fb2.

Итоги.
OpenOffice всем хорош, но очень, очень, очень медленно экспортирует в fb2. А простое сохранение обработанного "Корректором" (сам Корректор не виноват, но тут дело-то как раз в том, что нужно текст облагораживать, иначе зачем все это?) HTML убивает пустые строки, которые должны быть, без них никак. Не знаю, как он ведёт себя в других случаях, но вот полностью качественный результат сделать из HTML-файла он по факту не может.
Fiction Book Editor. Со всеми настроенными параметрами выше этапы сами по себе занимают секунд 20-25 на файл, причем без участия пользователя. Результат если не отличный, то близкий к тому.

Это я оптимизировал процесс с уже имеющимся у меня софтом, потому что и OpenOffice стоит (редко использовался, правда), и Fiction Book Editor есть со всеми скриптами и с периодической обработкой скачанных (не только) с Флибусты fb2 (дефисы, кавычки и прочая муйня).
Теперь на очереди, как будет время, другие варианты, насоветанные выше сообществом. То есть буду ставить сторонний софт и разбираться, вполне возможно, что теми редакторами можно и из епабок сделать конфетку (максимально просто, это важно).
На сегодня промежуточно (но железно) в рамках моего запроса ясно одно: Калибре - выбросить. OpenOffice пусть будет, всегда может пригодиться, тем более, что OOFBTools более чем достойный пакет. Fiction Book Editor с Any2Fb2 наше всё.