From: Julian David Baquero Contreras (jdbaqueroc_at_unal.edu.co)
Date: Mon Sep 21 2020 - 16:54:35 CDT
The problem arises during the process. This comes out immediately the error
appears:
charmrun ++ local + p2 ~ / NAMD / namd2 + replicas 2 fep_site.conf --source
FEP_remd_softcore.namd + stdout output_site /% d / job0.% d.log
Charmrun> scalable start enabled.
Charmrun> started all node programs in 0.031 seconds.
Charm ++> Running in non-SMP mode: 2 processes (PEs)
Charm ++> Using recursive bisection (scheme 3) for topology aware partitions
Charm ++> TORUS A SIZE 2 USING 0 1
Charm ++> TORUS B SIZE 1 USING 0
Charm ++> TORUS C SIZE 1 USING 0
Charm ++> TORUS MINIMAL MESH SIZE IS 2 BY 1 BY 1
Redirecting stdout to files output_site / 0 / job0.0.log through 1
REPLICA 0 FATAL ERROR: can't use non-numeric floating-point value as
operand of "-"
while executing
"expr $ saved_array (TOTAL) - $ saved_array (KINETIC)"
("while" body line 38)
invoked from within
"while {$ i_run <$ num_runs} {
# if {$ i_run == 0} {
# minimize 200
#}
if {$ i_run% 2 == 0} {
set swap a; set other b
} else {
... "
(file "FEP_remd_softcore.namd" line 149)
invoked from within
"source FEP_remd_softcore.namd"
And it does not matter if the number of replicas is changed (I tried with +
p4, + p8, + p12) the above error appears. Usually in replica 2.
El lun., 21 de sep. de 2020 a la(s) 15:36, Josh Vermaas (
joshua.vermaas_at_gmail.com) escribió:
> Keep the NAMD-L on the replies, so that the wider community can benefit.
> The NAN values are the problem here, since those are the non-numeric values
> Tcl is complaining about. When are they popping up? Is it already a problem
> at step 0, or only at the first exchange step?
>
> Josh
>
> On Mon, Sep 21, 2020, 1:58 PM Julian David Baquero Contreras <
> jdbaqueroc_at_unal.edu.co> wrote:
>
>> Good afternoon,
>> Thank you very much for the previous answer. The situation is that the
>> number of replicas does not matter, one of them appears the following
>> error: FEP: USING CONSTANT TEMPERATURE OF 310 K FOR FEP CALCULATION
>> ENERGY: 100 46566.4743 94260.8332 71584.1425 2277.6796 -1951225.0071
>> 13502916.0935 0.0000 0.1534 nan nan nan 11766380.3694 -nan nan nan nan
>> 6193441.0142 nan nan
>> FEP: 100 216318.0910 -1951225.0071 13502916.0935
>>
>> TCL: can't use non-numeric floating-point value as operand of "-"
>> FATAL ERROR: can't use non-numeric floating-point value as operand of "-"
>> while executing
>> "expr $ saved_array (TOTAL) - $ saved_array (KINETIC)"
>> ("while" body line 38)
>> invoked from within
>> "while {$ i_run <$ num_runs} {
>>
>> # if {$ i_run == 0} {
>> # minimize 200
>> #}
>>
>> if {$ i_run% 2 == 0} {
>> set swap a; set other b
>> } else {
>> ... "
>> (file "FEP_remd_softcore.namd" line 149)
>> invoked from within
>> "source FEP_remd_softcore.namd"
>>
>> The system is balanced, but in the inputs fep_site.conf,
>> FEP_remd_softcore.namd and fep_site_base.namd it is not seen how the
>> equ_site_6 files are used, which are the balance files. What should be
>> added or taken into account to add the files?
>>
>> Thank you very much for the help. I expect a prompt response.
>>
>> El mié., 2 de sep. de 2020 a la(s) 17:10, Josh Vermaas (
>> joshua.vermaas_at_gmail.com) escribió:
>>
>>> Hi Julian,
>>>
>>> Don't use a multicore build of NAMD for replica exchange, as that isn't
>>> supported. The netlrts build will be fine for this purpose, and you'd call
>>> it with charmrun. On a single node, it'd be something like this:
>>>
>>> charmrun ++local +p 12 +ppn 1 namd2 configfile.namd +replicas 12 +stdout
>>> output_site/%d/job0.%d.log
>>>
>>> That will buy you a 12 replicas, each with a single processor assigned
>>> to their computation. This WILL run slowly, just FYI.
>>>
>>> -Josh
>>>
>>> On Wed, Sep 2, 2020 at 12:16 PM Julian David Baquero Contreras <
>>> jdbaqueroc_at_unal.edu.co> wrote:
>>>
>>>> Hi,
>>>>
>>>> I have been trying to perform a protein-ligand calculation using
>>>> replica exchange, since I did the system on the CHARM-GUI web. But I get
>>>> the following error:
>>>> Charm ++: standalone mode (not using charmrun)
>>>> Charm ++> Running in Multicore mode: 12 threads (PEs)
>>>> ------- Partition 0 Processor 0 Exiting: Called CmiAbort ------
>>>> Reason: + partitions other than 1 is not allowed for multicore build
>>>>
>>>> [0] Stack Traceback:
>>>> [0: 0] namd2 0x150e6f7
>>>> [0: 1] namd2 0x516dd3
>>>> [0: 2] namd2 0x50c7b2
>>>> [0: 3] libc.so.6 0x7fbfa0df909b __libc_start_main
>>>> [0: 4] namd2 0x411935
>>>> Segment violation
>>>> I am doing this from a single node since I have the NAMD version
>>>> 2.14_Linux-x86_64-multicore. The command I use is the following:
>>>> namd2 + p12 + replicas 12 fep_site.conf --source FEP_remd_softcore.namd
>>>> + stdout output_site /% d / job0.% d.log
>>>> If I add the charmrun command the exact same thing happens how could I
>>>> perform this calculation using this single node?
>>>>
>>>> Thank you very much, I look forward to a prompt reply.
>>>>
>>>> --
>>>> Julián David Baquero Contreras.
>>>> Químico.
>>>> Universidad Nacional de Colombia.
>>>> Bogotá, Colombia.
>>>>
>>>
>>
>> --
>> Julián David Baquero Contreras.
>> Químico.
>> Universidad Nacional de Colombia.
>> Bogotá, Colombia.
>>
>> “*Esta transmisión electrónica es propiedad de la Universidad Nacional
>> de Colombia, su contenido es confidencial y únicamente lo puede recibir la
>> persona o entidad a quien va dirigido. Se prohíbe: Usar esta información
>> para propósitos ajenos a la Universidad, divulgar su contenido a personas
>> externas, **reproducir** total y/o parcialmente la información
>> contenida. No se asume responsabilidad sobre información, opiniones o
>> criterios contenidos en este correo electrónico que no estén relacionados
>> con la Universidad. Si usted no es el destinatario de este correo
>> electrónico, se le notifica que el uso de esta información, así como su
>> difusión, distribución o copia, está estrictamente prohibida, por favor
>> notifique al remitente inmediatamente por este mismo medio y elimine lo
>> antes posible este mensaje. La Universidad Nacional de Colombia,
>> identificada con NIT 899.999.063, con domicilio principal en la ciudad de
>> Bogotá D.C. en la Carrera 45 # 26-85 Edif. Uriel Gutiérrez Bogotá D.C.,
>> Colombia y con teléfono (+57 1) 316 50 00, en cumplimiento de la Ley 1581
>> de 2012 y el artículo 15 del Decreto 1377 de 2013, como responsable del
>> tratamiento de información de datos personales, desea informar a todas las
>> personas cuyos datos personales se encuentran en nuestras bases de datos,
>> que los mismos se encuentran bajo medidas que garantizan la seguridad,
>> confidencialidad e integridad, y su tratamiento se realiza con base en
>> nuestra Política de Tratamiento de Datos Personales, esta información se
>> podrá consultar en la página web **unal.edu.co
>> <http://www.unal.edu.co/> o ser solicitada para su conocimiento en el
>> correo electrónico protecdatos_na_at_unal.edu.co <protecdatos_na_at_unal.edu.co>.
>> Canal por el que también puede ejercer sus derechos como titular dentro de
>> los cuales se contempla conocer, actualizar, rectificar y revocar las
>> autorizaciones dadas a las finalidades aplicables para el desarrollo de las
>> relaciones laborales, académicas, contractuales y todas las relacionadas
>> con el objeto social de la Universidad*.”
>>
>
-- Julián David Baquero Contreras. Químico. Universidad Nacional de Colombia. Bogotá, Colombia. -- “*Esta transmisión electrónica es propiedad de la Universidad Nacional de Colombia, su contenido es confidencial y únicamente lo puede recibir la persona o entidad a quien va dirigido. Se prohíbe: Usar esta información para propósitos ajenos a la Universidad, divulgar su contenido a personas externas, *_reproducir_ total y/o parcialmente la información contenida. No se asume responsabilidad sobre información, opiniones o criterios contenidos en este correo electrónico que no estén relacionados con la Universidad. Si usted no es el destinatario de este correo electrónico, se le notifica que el uso de esta información, así como su difusión, distribución o copia, está estrictamente prohibida, por favor notifique al remitente inmediatamente por este mismo medio y elimine lo antes posible este mensaje. La Universidad Nacional de Colombia, identificada con NIT 899.999.063, con domicilio principal en la ciudad de Bogotá D.C. en la Carrera 45 # 26-85 Edif. Uriel Gutiérrez Bogotá D.C., Colombia y con teléfono (+57 1) 316 50 00, en cumplimiento de la Ley 1581 de 2012 y el artículo 15 del Decreto 1377 de 2013, como responsable del tratamiento de información de datos personales, desea informar a todas las personas cuyos datos personales se encuentran en nuestras bases de datos, que los mismos se encuentran bajo medidas que garantizan la seguridad, confidencialidad e integridad, y su tratamiento se realiza con base en nuestra Política de Tratamiento de Datos Personales, esta información se podrá consultar en la página web _unal.edu.co <http://www.unal.edu.co/> o ser solicitada para su conocimiento en el correo electrónico protecdatos_na_at_unal.edu.co <mailto:protecdatos_na_at_unal.edu.co>. Canal por el que también puede ejercer sus derechos como titular dentro de los cuales se contempla conocer, actualizar, rectificar y revocar las autorizaciones dadas a las finalidades aplicables para el desarrollo de las relaciones laborales, académicas, contractuales y todas las relacionadas con el objeto social de la Universidad.”___
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