In una foresta della California, degli alieni stanno raccogliendo dei campioni di vegetazione quando arrivano degli agenti del Governo Americano e sono costretti a scappare, lasciando però indietro uno di loro.
Elliot (Henry Thomas), un bambino di 9 anni, il cui padre lavora in Messico, sta trascorrendo la serata con il fratello maggiore Michael (Robert MacNaughton)ed i suoi amici e scopre l'alieno che però fugge. Elliot però decide di tornare nella foresta e lasciare dei dolcetti per attirarlo. Una sera l'alieno gli fa visita, consegnandogli tutti i dolcetti ed Elliot decide di nasconderlo in casa. La mattina successiva finge di avere la febbre, per poter restare a casa e studiare meglio il suo ospite. Nel pomeriggio Michael e la loro piccola sorellina, Gertie (Drew Barrymore), lo conoscono e promettono di non dire nulla a nessuno, neppure alla madre. Inizia così un periodo di conoscenza durante il quale l'alieno, che si fa chiamare E.T., spiega loro da dove arriva. Mentre Elliot è a scuola, sente di avere una connessione psichica con l'alieno, che è a casa da solo, e quindi prova tutte le emozioni che E.T. prova curiosando per casa, e combina un macello a scuola: libera tutte le rane, è ubriaco perchè a casa E.T. sta bevendo birra, e bacia una sua compagna di classe seguendo la scena di un film che E.T. sta guardando (Una delle scene migliori del film a mio parere!). E.T. racconta ai tre fratelli di voler tornare a casa. Elliott e il fratello procurano a E.T. il materiale che gli serve per costruire un dispositivo che lo metta in comunicazione con la sua famiglia. Michael inizia a notare che la sua salute sta peggiorando e che Elliott si riferisce a sé stesso come "noi". La sera di Halloween, vestono E.T. da fantasma, facendolo passare per la sorellina e lo portano nel bosco dove riesce a mettersi in contatto con la famiglia. Il giorno dopo Elliot si sveglia ma E.T. non c'è più, Michael esce a cercarlo e lo trova moribondo nel bosco. Quando lo riporta a casa, trova anche Elliot nelle stesse condizioni. La madre torna a casa e viene messa a conoscenza della situazione. Decide quindi di fuggire con i figli ma viene fermata dagli agenti del governo. Degli scienziati del governo costruiscono una struttura medica in casa, mettendo in quarantena Elliott ed E.T., il quale muore improvvisamente e la connessione tra i due sparisce. Elliot però nota che il fiore nel vaso di Gertie sta tornando in vita. E.T. ritorna in vita e dice che i suoi compagni stanno tornando. Elliott e Michael scappano con E.T. per riportarlo dai suoi, mentre la madre, assieme a Gertie, e a Keys (l'agente governativo a capo degli scienziati), cercano di riprenderli, inseguendoli in macchina. Finalmente arrivano gli altri alieni ed i giovani amici si salutano, ed E.T. può tornare dalla sua famiglia.
