O romance entre Heloísa e o filósofo Pedro Abelardo iniciou-se em Paris, no período entre o final da Idade Média e o início da Renascença.
Abelardo havia sido recentemente pela Escola Catedral de Notre Dame, tornando-se, em pouco tempo, muito conhecido por admirar os filósofos não-cristãos, numa época de forte poder da Igreja Católica.
Heloísa, que já ouvira falar sobre Abelardo e se interessava por suas teorias polêmicas, tentou aproximar-se dele através de seus professores, mas suas tentativas foram em vão.
Numa tarde Heloísa saiu para passear com sua criada Sibyle, e aproximou-se de um grupo de estudantes reunidos em torno de alguém. Seu chapéu foi levado pelo vento, indo parar justamente nos pés do jovem que era o centro da atenções, o mestre Abelardo. Ao escutar seu nome, o coração de Heloísa disparou. Ele apanhou o chapéu, e quando Heloísa aproximou-se para pegá-lo, ele logo a reconheceu como Heloísa de Notre Dame, convidando-a para juntar-se ao grupo. Risos jocosos foram ouvidos, mas cessaram imediatamente quando o olhar dos dois posaram um sobre o outro. Heloísa recolocou seu chapéu, fez uma reverência a Abelardo e se retirou.
Desde esse encontro, porém, Heloísa não consegui mais esquecer Abelardo. Fingiu estar doente, dispensou seus antigos professores e passou a interessar-se pelas obras de Platão e Ovídio, pelo Cântico dos Cânticos, pela alquimia e pelo estudo dos filtros, essências e ervas. Ela sabia que Abelardo seria atraído por suas atividades e viria até elas. Quando ficou sabendo dos estudos de Heloísa, conforme previsto por ela Abelardo imediatamente a procurou.
Abelardo tornou-se amigo de Fulbert de Notre Dame, tio e tutor de Heloísa que logo o aceitou como o mais novo professor de sua sobrinha, hospedando-o em sua casa, em troca das aulas noturnas que ele lhe daria. Em pouco tempo essas aulas passaram a ser ansiosamente aguardadas e, sem demora, contando com a confiança de Fulbert, passaram a ficar a sós. Fulbert ia dormir, e a criada retirava-se discretamente para o quarto ao lado.
Em alguns meses, conheciam-se muito bem, e só tinham paz quando estavam juntos. Um dia Abelardo tirou o cinto que prendi a túnica de Heloísa e os dois se amaram apaixonadamente. A partir desse momento Abelardo passou a se desinteressar-se de tudo, só pensando em Heloísa, descuidando-se de suas obrigações como professor.
Os problemas começaram a surgir. Primeiro, esse amor começou a esbarrar nos conceitos da época, quando os intelectuais, como Heloísa e Abelardo, racionalizavam o amor, acreditando que os impulsos sensuais deveriam ser reprimidos pelo intelecto. Não havia lugar para o desejo, que era um componente muito forte no relacionamento dos dois, originando um intenso conflitos para ambos. Ao mesmo tempo Sibyle, a criada, adoecera, e uma outra serva que a substituíra encontrou uma carta de Abelardo dirigida a Heloísa, e a entregou a Fulbert, que imediatamente o expulsou. No entanto isso não foi suficiente para separá-lo.
Heloísa preparou poções para seu tio dormir e, com a ajuda da criada Sibyle, Abelardo foi conduzido ao porão, local que passou a ser o ponto de encontro dos dois.
Uma noite, porém, alertado por outra criada, Fulbert acabou por descobri-los. Heloísa foi espancada, e a casa passou a ser cuidadosamente vigiada. Mesmo assim o amor de Abelardo e Heloísa não diminuiu, e eles passaram a se encontrar onde pudessem, em sacristias, confessionários e catedrais, os únicos lugares que Heloísa podia freqüentar sem acompanhantes a seu lado.
Heloísa acabou engravidando, e para evitar aquele escândalo, Abelardo levou-a à aldeia de Pallet, situada no interior da França. Ali, Abelardo deixou Heloísa aos cuidados de sua irmã e voltou a Paris, mas não agüentou a solidão que sentia, longe de sua amada, e resolveu falar com Fulbert, para pedir seu perdão e a mão de Heloísa em casamento.
Surpreendentemente, Fulbert o perdoou e concordou com o casamento.
Ao receber as boas novas, Heloísa, deixando a criança com a irmã de Abelardo, voltou a Paris, sentindo, no entanto, um prenúncio de tragédia. Casaram-se no meio da noite, às pressas, numa pequena ala da Catedral de Notre Dame, sem nem trocar alianças ou um beijo diante do sacerdote.
O sigilo do casamento não durou muito, e logo começaram a zombar de Heloísa e da educação que Fulbert dera a ela. Ofendido, Fulbert resolveu dar um fim àquilo tudo. Contratou dois carrascos e pagou-os para invadirem o quarto de Abelardo durante a noite e arrancar-lhe o membro viril.
Após essa tragédia, Alberto e Heloísa jamais voltaram a se falar.
Ela ingressou no convento de Santa Maria de Argenteul, em profundo estado de depressão, só retornando à vida aos poucos, conforme as notícias de melhora de seu amado iam surgindo. Para tentar amenizar a dor que sentiam pela falta um do outro, ambos passaram a dedicar-se exclusivamente ao trabalho.
Abelardo construiu uma escola-mosteiro ao lado da escola-convento de Heloísa. Viam-se diariamente, mas não se falavam nunca. Apenas trocavam cartas apaixonadas.
Abelardo morreu em 142, com 63 anos, Heloísa ergueu um grande sepulcro em sua homenagem, e faleceu algum tempo depois, sendo, por iniciativa de suas alunas, sepultada ao lado de Abelardo.
Conta-se que, ao abrirem a sepultura de Abelardo, para ali depositarem Heloísa, encontraram seu corpo ainda intacto e de braços abertos, como se estivesse aguardando a chegada de Heloísa.
